Chiamati nel 1604 i cappuccini per interessamento del sovrano Alberico I Cybo Malaspina, il convento e la chiesa furono edificati con l’aiuto della popolazione civile; due anni dopo, nel 1606, il vescovo della città poteva già consacrare la chiesa, che rimase sempre oggetto delle attenzioni dei duchi di Massa, i quali nel tempo la ingrandirono e abbellirono, eleggendola talora a luogo della propria sepoltura, come nel caso dei principi Alessandro e Francesco, fratelli di Carlo I.

Nel 1806 subì la soppressione napoleonica attuata dal governo di Elisa Baciocchi, e il convento rimase vuoto fino al 1820, quando per interessamento della duchessa Maria Beatrice d’Este, furono chiamati a succedere ai cappuccini toscani i confratelli della nascente provincia lucchese; nuovamente soppresso con leggi eversive dello stato italiano, fu riaperto nel 1883.

Il convento ha subito poi radicali modifiche nel corso del XX secolo, fino ad assumere l’aspetto attuale.